1.- Asamblea: formada por todos los socios y órgano soberano que ostenta el poder absoluto. Elige entre sus miembros cada cuatro años a una Junta Directiva, delegando el poder en ella.
2.- Junta Directiva o Consejo de Administración: formado por el Presidente, Vicepresidenta, Tesorera, Secretario y una Vocal. Son socias y socios elegidos por la Asamblea cada cuatro años. Rinde cuentas ante la Asamblea. Ejecuta el Presupuesto aprobado por la Asamblea desarrollando Actividades alineadas tanto con los fines estatutarios, como con los valores, la misión y la visión de PUNTO OMEGA. La ejecución de las actividades correctamente financiadas deben asegurar y perpetuar la viabilidad del Proyecto PUNTO OMEGA a lo largo del espacio y del tiempo. La Junta Directiva presenta Memoria Económica y Memoria de Actividades todos los años ante el Ministerio del Interior y las hace públicas en la web, asegurando así la transparencia en la gestión de la Entidad.
3.- SAUCO Empresa de Inserción: creada por la Asociación PUNTO OMEGA en 2018. Administrada por el Presidente de la Asociación. Actúa asociada al Centro de Formación e Inserción Socio Laboral
4.- Fundación Punto Omega: creada por la Asociación PUNTO OMEGA el año 2000. Administrada por el Patronato, el cual siempre está y estará formado por miembros de la Junta Directiva de la Asociación. Actúa asociada al “CES Móstoles”.
5.- Director General: Coordinada los Servicios Centrales de la Entidad, los cuales son los responsables de la gestión administrativa, económica y financiera. Es responsable del correcto funcionamiento de los Centros y Servicios prestados por PUNTO OMEGA a usuarios y pacientes de la Entidad. Es la única persona contratada directamente por la Junta Directiva y rinde cuentas ante ella.
6.- Directora de Centros y Servicios: supervisa la correcta ejecución de todos los Centros y Servicios que gestiona PUNTO OMEGA. Coordina los procesos relacionados con la obtención de subvenciones así como con la contratación con Administraciones Públicas y Entidades Privadas. Rinde cuentas ante el Director General.
Todos los Centros gestionados por PUNTO OMEGA así como los Servicios prestados, son supervisados y ejecutados directamente por ocho personas y sus subordinados. Son cargos de confianza de la Entidad. Rinden cuentas directamente ante la Dirección de Centros y Servicios así como ante la Dirección General de la Entidad. Estas ocho personas son:
1.- Director de CLICK.
2.- Director del Centro de Formación e Inserción Socio Laboral «Salvador Gaviota»
3.- Directora del SPANT.
4.- Directora del CES.
5.- Directora de la UAD.
6.- Directora del CAID de Móstoles.
7.- Director del CAID Los Mesejo.
8.- Directora de la «Residencia Punto Omega».